บริเวณอ่าวไทยตอนล่าง

แนวปะการังในเขตจังหวัดสงขลา
จากข้อมูลการสำรวจในปี พ.ศ.2552 พบว่าแนวปะการังบริเวณเกาะหนู เกาะแมว และเกาะขาม จังหวัดสงขลา ในปี พ.ศ.2552 มีทั้งที่อยู่ในสภาพเสียหายจนถึงดีมาก แหล่งที่มีสภาพดีมาก คือ เกาะขามด้านทิศตะวันตก แหล่งที่มีสภาพดี คือ เกาะขามด้านทิศเหนือและใต้ ส่วนด้านทิศตะวันออกสภาพ ดีปานกลาง รวมถึงเกาะหนูและเกาะแมว ยกเว้นเกาะแมวด้านทิศใต้มีสภาพเสียหาย

แนวปะการังในเขตจังหวัดนครศรีธรรมราช
มีแหล่งแนวปะการังที่สำคัญอยู่ที่เกาะกระใหญ่ และเกาะกระกลาง จากการติดตามศึกษาทางฝั่งด้านทิศใต้ของเกาะกระใหญ่ ในปี พ.ศ.2550 พบว่าแนวปะการังอยู่ในสภาพดีปานกลาง และยังพบว่ามีสภาพคงเดิมในเดือนสิงหาคม พ.ศ.2553 ซึ่งเป็นช่วงที่กำลังเกิดปรากฏการณ์ปะการังฟอกขาว ต่อมาในปี พ.ศ.2554 พบว่ามีปะการังที่มีชีวิตปกคลุมพื้นที่หนาแน่นมากกว่าเดิมอีกเล็กน้อย แสดงให้เห็นว่าบริเวณนั้นไม่ได้รับผลกระทบจากการเกิดปรากฏการณ์ปะการังฟอกขาว จากการสำรวจในปี พ.ศ.2554 พบว่าแนวปะการังของเกาะกระใหญ่ และเกาะกระกลางอยู่ในสภาพดีจนถึงดีมาก อย่างไรก็ตามที่เกาะกระเล็ก ทางด้านทิศเหนือ มีสภาพเสียหายมากกว่าบริเวณอื่นๆ รวมทั้งที่บริเวณหินเรือก็มีสภาพค่อนข้างเสียหาย ส่วนใหญ่มีลักษณะเป็นซากปะการังเขากวางเก่าที่ตายลงจากปรากฏการณ์ปะการังฟอกขาวเมื่อปี พ.ศ.2541 แล้วยังไม่มีการพื้นตัวหรือมีการพื้นตัวช้ามาก สำหรับที่เกาะวังในมีทั้งจุดที่มีสภาพดีและที่เสียหาย ส่วนที่เกาะวังนอกมีสภาพดีมาก ที่เกาะราบมีสภาพดีปานกลาง

แนวปะการังในเขตจังหวัดปัตตานี
มีแหล่งแนวปะการังสำคัญที่เกาะโลซิน ซึ่งเป็นกองหินที่โผล่พ้นน้ำเพียงเล็กน้อย จากการสำรวจในปี พ.ศ.2554 พบว่าแนวปะการังอยู่ในสภาพดีมาก