ปรากฎการณ์น้ำเปลี่ยนสีเกิดจากการเพิ่มปริมาณสารอาหารบริเวณชายฝั่ง ซึ่งเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้แพลงก์ตอนเจริญเติบโตอย่างรวดเร็ว ปริมาณสารอาหารที่เพิ่มขึ้นส่วนใหญ่นั้นมักเกิดจากกิจกรรมของมนุษย์ ปัจจัยที่สำคัญที่เป็นสาเหตุหลัก คือ ธาตุอาหารที่ถูกชะล้างจากแผ่นดินในช่วงฤดูฝน สารอินทรีย์จากน้ำทิ้งชุมชน โรงงานอุตสาหกรรม โรงแรม เกษตรกรรม รวมทั้งการตัดไม้ทำลายป่า รวมทั้งป่าชายเลนทำให้ตะกอนที่ไหลลงมากับแม่น้ำลำคลองไม่ถูกดักจับ จึงไหลลงสู่ทะเลในปริมาณมากกว่าในอดีต

สาเหตุและผลกระทบ

          1. การตั้งถิ่นฐานบ้านเรือนและชุมชนบริเวณชายฝั่ง กิจกรรมเพื่อการท่องเที่ยว ร้านอาหารและสถานประกอบการตามแนวชายฝั่งบริเวณแม่น้ำลำคลอง กิจกรรมการประมง แพปลา การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ โดยก่อให้เกิดมลพิษลงสู่ชายฝั่งทะเล ปริมาณสารอาหาร รวมถึงปริมาณแบคทีเรีย

          2. การสะพรั่งของแพลงก์ตอนพืช (Plankton bloom) หรือเรียกว่าปรากฏการณ์น้ำทะเลเปลี่ยนสี เช่น  สีเขียวของสกุล Noctiluca และ สีน้ำตาลของสกุล Chaetoceros เป็นต้น ปริมาณออกซิเจนจะลดลงอย่างมาก ก่อให้เกิดความเสียหายต่อสัตว์น้ำตามธรรมชาติและแหล่งเพาะเลี้ยงชายฝั่ง